学校由原南京化工大学与原南京建筑工程学院于2001年合并组建而成。其一源头可追溯到创建于1902年的三江师范学堂,后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、江苏大学、国立中央大学、国立南京大学、南京大学、南京工学院和南京化工学院等历史时期;另一源头可追溯到同济医工学堂于1915年创建的附设机师科,后历经国立同济大学附设高级职业学校、国立同济大学附设高级工业职业学校、同济高级工业学校、南京建筑工程学校等历史时期。
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